Minato fue alumno de Jiraiya, uno de los sannin, pero se desconoce la identidad de sus compañeros de equipo. Más tarde,se convirtió en el sensei jōnin de Kakashi Hatake, Rin, y Obito Uchiha. En esta época ya era una leyenda entre los ninjas de Konoha y las demás aldeas, y temido por el enemigo por sus habilidades, al punto que durante la Tercera Guerra Ninja se dio una orden de que si se le veía, huir de inmediato.
Minato desarrolló el Rasengan, tardando tres años en aprenderlo a la perfección.
Debido a su gran experiencia en batalla y a su talento, fue postulado al puesto de Hokage por Sarutobi, que entonces ocupaba el cargo.Al convertirse en Hokage, Konoha vivió una corta época de paz, que pronto se rompió con la llegada de Kyūbi. Para poder contener el poder de este Bijū, usó el Fūin jutsu: shiki fūjin, una técnica prohibida de sellado por la que pudo encerrar al zorro dentro de su hijo recién nacido, Naruto Uzumaki, al precio de pasar el resto de la eternidad con su alma siendo devorada por el Dios de la Muerte que había invocado para realizar el sello. Su ultima voluntad fue que Naruto fuese reconocido como un héroe por salvar a la aldea, pero esta petición no fue honrada por los aldeanos.
El Dios de la muerte se apiado de Minato por el gesto que acababa de hacer y devolvio a la vida a Minato( tanbien le hizo mas joven actualmente es como si tubiera de nuevo 17 años) el cual huyó de alli sin que nadie supiera que estaba vivo.Todo el mundo creyo que estaba muerto.Y Minato fue a la villa de la lluvia donde encontro a Idari Uchiha el cual lo acepto en su villa y lo incorporo a su equipo anbu.